Madrasah Tsanawiyah Negeri Sumobito pada mulanya berasal dari relokasi sekolah kejuruan yaitu PGA Al-Hikmah Balongrejo. Pada tahun 1979 pengurus Yayasan Al Hikmah beserta wali murid memutuskan merubah jenjang pendidikan ini secara aklamasi, sebagian besar menginginkan SMP dan sebagian yang lain memilih Madrasah Tsanawiyah, sehingga kedua lembaga ini berjalan hingga tahun 1983.

Pada tahun 1984 Madrasah Tsanawiyah Al Hikmah mendapat tawaran dari Madrasah Tsanawiyah Negeri Plandi dibawah pimpinan Bapak Supriyadi (Alm) untuk menjadi filial Madrasah Tsanawiyah tersebut dengan syarat pindah lokasi semula. Persyaratan ini diterima, dibawah pimpinan Bpk Muhammad Yazid Abdulloh (Alm) pada tahun 1984 madrasah ini pindah ke desa Nglele Sumobito dengan menempati SDN setempat dan masuk pada siang hari dengan status Madrasah Tsanawiyah Negeri Plandi Filial di Nglele Sumobito Jombang. Pada tahun ajaran 1985 sampai 1990 Kepala Madrasah di jabat oleh Bapak Muhammad Mas’ud. BA (Alm), dengan kerjasama yang baik dan harmonis dengan  masyarakat Nglele dibawah pimpinan Bapak Abdul Syakoer selaku Kepala Desa Nglele, bersama – sama dengan tokoh agama dan tokoh masyarakat setempat berkat pertolongan Allah SWT, maka bisa mewujudkan sebidang tanah waqaf Bapak H. Sahlan (Alm) dan ditambah dengan pembelian tanah  sehingga mencapai 2300 m .

Dengan semangat juang yang tinggi disertai dengan pertambahan murid yang pesat, maka pada tahun itu juga bisa membangun gedung yang kemudian ditempati pada tahun 1994 – 1995. tiga lokal gedung baru sudah mulai bisa ditempati.

Pada 17 Maret 1997 MTsN Plandi Filial di Nglele dinegerikan secara penuh dengan Nama MTs Negeri Sumobito dibawah Pimpinan Kepala Madrasah  Bapak M. Fathoni.S.Ag (Alm) , pada masa itu pula Madrasah secara swadaya  mampu membangun satu gedung dengan empat lokal sehingga seluruh kegiatan belajar mengajar Madrasah Tsanawiyah Negeri Sumobito bisa dilaksanakan digedung sendiri meskipun masih ada yang masuk siang. Dengan perhatian pemerintah yang cukup bijaksana pada tahun 2001 mendapat proyek gedung sebelah timur seanyak 3 lokal melalui APBN selanjutnya pada tahun 2002 mendapat proyek gedung lagi sebelah selatan 3 lokal melalui APBN. Pada tahun ajaran 2002-2003 mendapat proyek 2 lokal melalui proyek imbal swadaya. Tahun 2011/2012 rehab APBN, sebanyak 4 lokal. Dengan demikian proses belajar mengajar  di Madrasah Tsanawiyah Negeri Sumobito bisa berjalan dengan baik / masuk pagi semua.

Pada tahun 2016 keluar lah KMA Nomor 673 Tahun 2016 Tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri, dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Provinsi Jawa Timur. Dan MTsN Sumobito berubah nama menjadi MTsN 12 Jombang.